Dai menhir esistenti in zona fino a non molti anni fa si intuisce che il territorio di Merine fu abitato sin dall'età del Bronzo. Il centro pare sia sorto in epoca altomedioevale, intorno ad una grancia basiliana. Incorporato alla Contea di Lecce fino al XIII secolo, fu ceduto nel 1353 ai Carovineis che la possedettero sino al XV secolo. Passò ai Montenegro e, nel 1613, fu acquistato dai Palmieri che ne furono signori fino al 1806, anno dell'eversione della feudalità.